ヒートマップの寸法は、セルの大きさをピクセル単位で指定することで設定できます。

ScottPlot.Plot myPlot = new();

double[,] data = {
    { 1, 2, 3 },
    { 4, 5, 6 },
    { 7, 8, 9 },
};

var hm = myPlot.Add.Heatmap(data);
hm.CellAlignment = Alignment.LowerLeft;
hm.CellWidth = 100;
hm.CellHeight = 10;

myPlot.SavePng("demo.png", 400, 300);